JSP (Java Server Page) - Problemas con JavaScript

Buenas tardes. Soy nueva en la programación con JSP, y tengo un problema con un archivo de javascript (.js) que tengo en un programa que estoy haciendo. Estoy usando el Net Beans IDE 4.1. Resulta que el fichero .js no se actualiza bien, porque cuando comento algunas líneas que tenían un mensaje de alert, resulta que me sigue sacando los mensajes por pantalla (estando ya comentadas esas líneas!!!, con "//"), me estoy volviendo loca, porque he probado a cerrar la aplicación, a cerrar el NetBeans, a volver a compilarlo todo, y nada, me siguen saliendo los mensajes comentados, alguien sabría decirme por qué? hay alguna manera de ejecutar paso a paso un fichero .js para ver mejor lo que hace?? muchas gracias.

¿Has probado a vaciar la caché del navegador o forzar la recarga (Control + F5 en lugar de sólo F5)?

También... ¿has comprobado que el fichero que tú estás comentando es el que se está usando?

Muchas gracias, Gonzalo. Efectivamente me ha funcionado con lo que me has dicho (eliminando los archivos temporales o ctrl+f5). Gracias, me has quitado un peso de encima!!