JSP (Java Server Page) - como corro una aplicación

Tengo los fuentes de una aplicacion grande, muy grande. Copie la carpeta dentro de root y puse http://localhost:8080/aplicacion/index.jsp y anduvo, me presenta una pantalla con un boton, ese boton con un javascript abre una ventana de la siguiente forma ('/servlet/aplicacion.servletinicial'). Me tira un error 500 the request resource is not available. El archivo servletinicial esta en una carpeta dentro de la carpeta aplicación\web-inf\src\aplicacion\servletinicial.
Que esta mal?

Te recomiendo que leas mi articulo para montar un ambiente de desarrollo Java Empresarial, te va a quitar muchas dudas y vas a poder a comenzar bien duro!!!!

http://www.geocities.com/neos_software/articles/ides/glassfish.html