JBuilder - Problema con Jbuilder 2005

Estimada comunidad, tengo un problemita con Jbuilder 2005 y es el siguiente, tengo una estructura de carpetas para trabajar, en una rama de la estructura tengo los fuentes y en la otra los .class o mejor dicho los jar y los html.

Bueno el problema es el siguiente, cuando compilo con el jbuilder 2005 me borra todo los archivos que tiene la carpeta de ejecutables/trabajo1, por ejemplo. Esto no seria nada pero alli tambien tengo los html y ademas tengo otros .jar, que utilizo y tambien tengo un .bat que es el que me hace el .jar contodas los .class, y esto me fastidia porque tengo que tener una subcarpeta y luego de compilar tengo que copiar todo desde la subcarpeta a la carpeta, para probar la modificacion a un programa, alguien sabe como configurar que no me elimine todos los archivos antes de comenzar la compilacion????????