Internet Information Server - direcciones relativas en iis

Hola, mi problema es el siguiente:
Tengo creado un directorio virtual en el sitio predeterminado de iis y he creado una página web asignandole rutas relativas a mis enlaces.
El problema es que si hago click en uno de los enlaces, este se va a buscar la página solicitada al directorio raiz de mi sitio web, y no al directorio raiz de mi directorio virtual, como yo esperaba.
¿Cuál es el problema?

Si el directorio es realamente virtual el unico posibilidad a navigar al directorio raiz (de todo) es "../mipagina.aspx" desde el raiz del sitio web.
Asegurase que es realmente un directorio virtual no solo "una carpeta", si es, sus vinculos son mal formada.

Steve