Pascal/Turbo Pascal - Busqueda ficheros binarios

Si tengo la siuguiente declaracion de datos,quiero hacer consultas de ambos ficheros :

Program Programa;
USES
crt,....;
BEGIN
Assign(Fichero1,'Fichero1.txt');
Assign(datos1,'datos1.dat');
Assign(Fichero2,'repes.dat');
Assign(datos2,'datos2.dat');

if not fileExists(Fichero1.dat') then
cargar_datos(Fichero1, datos1);
if not fileExists(Fichero2.dat') then
cargar_datos(Fichero2, datos2);

if fileExists ('datos1.dat') then
Close(datos1);
if fileExists ('datos2.dat') then
Close(datos2);
........
UNIT....;
....
Procedure Meter_datos1(var Fichero1: text;
var datos1: tipo_fich_datos);
VAR
registro: tipo_reg_logico;
BEGIN
reset(Fichero1);
rewrite(datos1);
seek(datos1,0);
WHILE not EOF(Fichero1) DO
BEGIN
WITH registro DO
BEGIN
Read(Fichero1,dni);
read(Fichero1,nombre);
.........
readln(Fichero1);
END;
Write(datos1, registro);
END;
close(Fichero1);
close(datos1);
END;

Procedure Meter_datos2(var Fichero2: text;
var datos2: tipo_fich_datos);
VAR
registro: tipo_reg_logico;
BEGIN
reset(Fichero2);
rewrite(datos2);
seek(datos2,0);
WHILE not EOF(Fichero2) DO
BEGIN
WITH registro DO
BEGIN
Read(Fichero2,dni);
read(Fichero2,nombre);
.........
readln(Fichero2);
END;
Write(datos2, registro);
END;
close(Fichero2);
close(datos2);
END;

****
Si yo ahora quiero consultar es decir hacer una busqueda por dni por ejemplo del fichero 1 me lo busca bien pero si hago una busqueda del fichero 2 no me encuentra nada y me da a mi que es que no se esta generando bien el fichero binario.No se si algo estoy haciendo mal

Me llama la atención que uses Read (y no ReadLn) para leer un archivo tipo text; no conozco la estructura del mismo así que no puedo decir si es correcto o no, pero deberías revisar si usando Read estás realmente leyendo lo que crees que está leyendo.

que diferencia hay entre read y readln?

ReadLn lee una línea de texto hasta encontrar un retorno de carro/avance de línea (caracteres #13 y #10), Read lee tantos bytes como bytes tenga el tipo de variable que le pasas en el segundo parámetro.