creo que lo que quieres hacer es un servicio
los servicios se ejecutan sin ser vistos por un usuario normal, y no aparecen en la barra de tareas, ademas de que son residentes en memoria
no es eso lo que quieres hacer?
lo que Dr Juzam dice te servirá muy bien, ya entrar a servicios es algo que a mi me parece un poco mas dificil, ademas, si ya tienes programalo lo que la aplicación debe hacer, es lo ideal seguir el consejo de Dr Juzam.
pero sabes que cualquier cosa, aqui estamos para ayudarte