En 2 pasos:
1º) Cuando publiques tu archivo .fla, tienes que publicarlo como .exe
2º) Cuando lo grabes en el cd, tienes que crear un archivo en el raiz de la unidad del cd, es decir que no tiene que estar dentro de ninguna carpeta. El archivo se llama 'autorun.inf'. (sin comillas) Para crearlo abres el bloc de notas, y escribes esto:
[autorun]
open=ruta/del/archivo.exe
icon=ruta/del/icono.ico
NOTA: la línea de icon es opcional, pero la de open la tienes que poner obligatoriamente.
Una vez escrito vas a Guardar Como--> autorun.inf (y abajo en el desplegable seleccionas 'todos los archivos (*.*)')