Lo unico que tienes que hacer es abrirlo nuevamente desde flash (El swf) y lo guardas nuevamente pero ahora con la extension fla. el problema es que ya no te respetara las capas, las interpolaciones o guias, es decir tu animacion se reproducira normlmente pero si tienes objetos distribuidos en capas los une en una sola y la palicula queda formada por unicamente fotogramas claves en una sola capa
Suerte