Dev - C++ - Ayuda con un programa referente a archivos

Buenas... tengo un deber y no se que hacer, necesito crear un registro de notas de estudiantes, donde se guarde en un arreglo los nombres, y en otro las calificaciones, pero en que cada arreglo se guarde en archivos diferentes y que en otro archivo se guarde otro arreglo con estudiantes(se debe asignar un codigo a cada estudiante y validar que no se repita) y calificaciones unidas, y que al momento de mostrar el menu de ingresar nota se muestre todos los estudiantes ingresados.

¿De verdad te han mandado algo así? Me parece algo muy poco práctico y bastante problemático ya que cualquier fallo al guardar en cualquiera de los tres archivos provocaria un descuadre difícil de solucionar. Lo correcto sería usar una estructura con los tres datos y guardarlo en un solo archivo de forma secuencial.