Hola alejandro, creo que si dieras mas detalles de como trabajan esos programas seria mejor que te pudieran dar respuesta.
de todos modo una forma seria crear de momentaniamente un archivo de texto el cual el otro programa podria recoger.
En una segunda opcion imaginandome que utilizas dos base de datos seria crear una conexion a la base de datos donde quieres enviar los datos e insertar los registros que deseas.
espero poderte ayudar pero como te dije si das una mejor explicacion de la estructura de esos programas talves obtengas mejores respuestas.
