DB2 - Tratamiento Datos

Tengo que hacer un tratamiento de datos masivo a través de un programa hecho en Java. Si lo hago como tengo el resto de programas, a través de un servidor de aplicaciones, se queda colgado y no funciona.
Mi pregunta es, ¿para estos casos se ha de crear un procedimiento almacenado? ¿o estos procedimientos sólo se utilizan para sacar resultados de consultas SQL?
Gracias por su ayuda.