Criptografia - transposicion de matrices

Hola a todos,

tengo una matriz desordenada y tengo que hacer todas las combinaciones que se pueden dar y que cada una de las combinaciones me las guarde en un fichero.

Por guardarlas no hay problema pero no encuentro la forma de hacer un bucle donde me vaya haciendo las combinaciones.

A ver si alguien puede echarme una mano, gracias