CSS - Css se rompe después de JS

Hola a todo el foro, agradesco por la ayuda que me puedan brindar, ahora les explico.

He creado un menú html css y js, use @media screen para los distintos tamaños de pantalla y cada vez que reduzco el tamaño, ejecuta el css según lo planificado, el lío que es en algunos item del menú ejecutó JS para mostrar/ocultar ciertas opciones del menú, lo hace de manera correcta pero al minimizar y cambiar de una aplicación a otra, todo el diseño que tenía se pierde, es como que si la resolución aumenta y todo se ve mucho más grande.

Alguien sabe de algo que le falte hacer?

Gracias por la ayuda.

Hola,

por lo que dices el css se ejecuta correctamente según los @media.
El problema es que el js siempre lo hace de la misma manera, sea cual sea el tamaño de pantalla, y de alguna forma trata el menú como si no estuviera minificado, supongo que ese es el problema por lo que has explicado y sin ver una letra de código.

Un saludo!