C/Visual C - Acerca de Estructuras de Datos

Hola, tengo un problema al cual nosé como abordarlo todavía ... explico el mismo brevemente. Tengo N ficheros que contienen información a ser accedida (modificada, listada, eliminada); ahora bien de entre los N ficheros, un número menor contendrá similitudes de algún tipo. Lo que quiero es definir e implementar una forma eficiente para acceder a los datos y realizar las operaciones sobre los ficheros.

Estoy leyendo información referida a Arboles Binarios y tablas Hash; si alguien me puede dar una orientación o idea, o contarme su experiencia con este tipo de problemas; me ayudaría mucho.

De antemano muchas gracias