C/Visual C - Como almacenar linea de archivo

Hola. tengo un problemita y necesito de su ayuda. Resulta que necesito hacer un programa de encriptacion de archivos planos en C. Ya logre abrir el archivo a encriptar y se que con fgets se puede leer las lineas de codigo. Ahora, mi problema es que yo necesito leer cada linea de codigo del archivo e ir encriptandola y almacenando esa nueva linea encriptada en un archivo nuevo. No tengo idea de como hacer para leer la linea ni de como almacenarla en el nuevo archivo.
Apreciaria muchisimo su ayuda.
Saludos. Minor

para leer una line de texto convien usar getline()