C/Visual C - Detener un dispositivo removible vía programa

Cuando utilizamos un dispositivo removible (tipo ZIP o PC-Card) y queremos removerlo en caliente, el sistema indica que primero debemos "detenerlo" llendo a una aplicación de windows (que por lo general es posible accederla desde el system tray) e indicando el dispositivo en cuestión. La idea de esta operación es la de actualizar efectivamente todos los datos almacenados en buffers al dispositivo.

¿Alguien tiene idea como puedo hacer esto desde un programa C/C++?

Mira la documentacion de la funcion DeviceIOControl y CreateFile.
DeviceIOControl permite enviar codigos de operacion a unidades de disco,
por ejemplo, para expulsar una unidad removible.
Esta funcion necesita el manipulador de archivo devuelto por CreateFile.
Pero antes de expulsar la uniad mira la funcion FlushFileBuffers, que fuerza a que los buffers de un archivo se escriban físicamente en la unidad de disco.
Con la funcion CreateFile en vez de abrir un archivo
abres una unidad, por ejemplo "D:\"
Prueba a ver si funciona asi. Yo no lo he probado.