Obtener % homología de un número de secuencias de RNA respecto a un genoma
Publicado por Andres (1 intervención) el 03/10/2020 19:31:22
Soy nuevo en esto de los alineamientos y ahora mismo tengo una tarea que no sé resolver, a ver si alguien me pudiese echar una mano.
Mediante bowtie2 he podido obtener un archivo SAM gracias a comparar unos archivos de sRNA contra un genoma de referencia. Ahora me gustaría saber el % de homología de cada una de las secuencias respecto a dicho genoma pero no sé muy bien como proceder, ¿alguna idea?
Mediante bowtie2 he podido obtener un archivo SAM gracias a comparar unos archivos de sRNA contra un genoma de referencia. Ahora me gustaría saber el % de homología de cada una de las secuencias respecto a dicho genoma pero no sé muy bien como proceder, ¿alguna idea?
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