PHP - Se descuadra el CSS ??

Todo se ve perfectamente encuadrado segun las posiciones que le he definido en el CSS, esto, visualizado con Firefox, sin embargo al probrarlo en IE, este se descuadra completamente.
La linea que llama al CSS es:

<LINK REL="stylesheet" TYPE="text/css" href="estilo.css">

Que se podra hacer para universalizar el CSS ?

A que version de IE haces referencia?
IE ha sido el gran dolor de cabeza de los maquetadores de las paginas web.

Lo que hacen muchos maquestadores, es un estilo especial y básico para IE y otro estilo (el bueno) para el resto de navegadores.