No se muy lo que quieres pero posiblemente te refieres a que tienes facturas en los que los productos son de distintos ivas y entonces no puedes utilizar una sola tabla para registrar las distintas bases.
Tienes que crear una tabla vinculada con la general por el numero de factura.
En el formulario de registro tienes que crear un subformulario con esta nueva tabla donde vas registrando las distintas bases con sus ivas correspondientes y la tabla general se va actualizando con la suma de cada base, la suma de cada iva y la suma de cada total.
Para mejor verlo necesitaria ver el formulario que tienes ahora mismo.
