ASP.NET - Guardar copias de una aplicacióm web

Hola. Mi problema es el siguiente: Tengo un proyecto Web en su correspondiente carpeta del Winroot. Si lo copio en otra carpeta, para tener una copia de respaldo, si modifico uno de los dos, los cambios se realizan también en el otro. Es normal esto?
Pero esto mismo no me ocurre con una aplicacion winform.
Como Podría solventar esto?.
Le ha pasado a alguien más?
Bueno gracias por vuestra atención.