Aunque depende muchos factores, como la maquina y el sistema operativo, definitivamente me he encontrado con queel cuello de botella mas grande es la parte de la memoria y la carga de demonios (en el caso de unix) ó servicios inecesarios (en el caso de microsoft), hay elementos externos como el tráfico de red, la mala programación de las aplicaciones (muchas veces se hace llamadas para traer valores que ya se tenian y cosas así).
Te recomiendo usar una herramienta de monitoreo, como Tiboli de IBM, es buena
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