Cuando entras en el editor de capas estando en espacio papel hay 2 colores que puedes asignar para cada capa
El que dice solamente "Color" es el color general de la capa, el que ves en el modelo
El que dice "VP Color" es el color de la capa dentro del viewport. Si lo asignas estando dentro de una ventana gráfica la capa tomará ese color solo para esa ventana. Mientras que si lo asignas fuera de cualquier viewport quedatá establecido para las nuevas ventanas gráficas que crees.
Entonces
Para que no te pase en las nuevas que se cambia el color estando fuera de viewports igualas el vpcolor al color, y para corregir viewports cambiados pues entras en el viewport y ahi iguales el color.
Otra opcion es apagar la variable VPLAYEROVERRIDESMODE, pero eso desactiva todos los overrides, es decir desactiva toda caracterizacion especial de capas dentro de viewports (color, congelamiento de capa, etc)